Kuten edellä on jo esitetty, rekisteröintisovelluksen keskeinen tehtävä stimuluslaitteiden ohjauksen lisäksi on dokumentoida koetapahtuma. Kokeen dokumentointi koostuu pääasiassa rekisteröintisekvenssien aikana rekisteröidystä signaalista ja käytettyjen stimulusten parametreista. Lisäksi kokeen aikana preparaattiin voidaan kohdistaa stimuluksia ilman rekisteröintiä. Nämä lisästimulukset voidaan yleensä dokumentoida koepäiväkirjaan, mutta myös rekisteröintisovellusta voitaisiin käyttää tämän tyyliseen lisädokumentointiin.
Yhteen kokeeseen liittyvät rekisteröintisekvenssit ja muu dokumentaatio muodostavat kokonaisuuden, jonka tuottamiseen ja tallentamiseen koko rekisteröintisovelluksen toiminta tähtää. Dokumentoinnin kannalta kaikki sovelluksessa käytetyt oleelliset parametrit, valikkojen sisältö ja määritellyt sekvenssit tulisi tallentaa kokeen dokumentointina varsinaisen rekisteröintisignaalin ja parametrien ohella.
Tallennettavalle rekisteröintisekvenssille tulee voida suorittaa seuraavat operaatiot:
Kuvassa 3.5 on esitetty kokeen dokumentointiin liittyvien olioiden luokkakaavio. Kokeen dokumentoinnin tallennuksessa levylle voidaan käyttää samaa strategiaa kuin käyttöliittymän yhteydessä. Tosin analysoitavaksi tarkoitetun datan tallennusmuodon valinnassa kannattaa myös tutkia mahdollisuuksia käyttää tunnettuja tiedostoformaatteja. Tällöin analysointiin voitaisiin ainakin rajoitetussa määrin käyttää yleiskäyttöisiä analyysiohjelmistoja.